Kościół wybudowany pierwotnie z drewna w latach 1429-31, spłonął w czasie wojen husyckich. W roku 1459 rozpoczęto budowę kamiennej świątyni w stylu późnogotyckim. W 1473 roku został konsekrowany. W średniowieczu kościół pozostawał poza murami ówczesnego miasta a do połowy XIX wieku był otoczony cmentarzem. Dopiero rozwój Görlitz w XIX wieku szczególnie w kierunku Dworca Kolejowego sprawił, że Frauenkirche stał się ważnym ośrodkiem kultu religijnego.